一直将孙先生称之为“吾师”而不直呼其名的天启皇帝终于下谕了，免去孙承宗的职务，由高弟——魏忠贤的党羽接任。帝王的老师，帝国的栋梁孙承宗倒了。在这期间，天启暴毙，崇祯继位。奇怪的是，被孙承宗贬斥的王在晋居然又东山再起，成为兵部尚书。作为孙承宗的宿敌，他当然力阻孙承宗的复出。这位王在晋打仗不行，但玩起党争的一套却颇有手段，不知他用了什么方式，令得崇祯也不买孙承宗的账。尽管百官多次上奏，但与孙承宗无师生之情的崇祯，不予理睬。于是孙承宗始终不得重用。直至后来袁崇焕身死后，他才再度临危受命。

孙承宗在山海关四年间，堪称是辽东的再造之功臣。他起用了袁崇焕、祖大寿、赵率教、满桂等一批卓越将领，修建关城，抚恤难民，整顿军纪，以一筑城、二驻防、三屯田的计略，使关外防务大为起色，并建立起宁远至锦州一条钢铁般的防线。史称：“自承宗出镇、关门息警、中朝宴然，不复以边事为虑也。”（《明史·孙承宗传》）孙承宗后又率袁崇焕、满桂等大将，进据锦州松山等地带，收复了大批被后金军占据的土地。至天启五年，由山海关、宁远自锦州的宁锦防线正式形成，明朝可以倚靠这条防线继续与满清对抗。在宁远，利用引进的红衣大炮，由袁崇焕、祖大寿指挥的“宁锦大捷”，重创努尔哈赤、皇太极，迎来了明军的第一次大胜利。终清太宗皇太极之死，满清也未能突破这道防线而入关。明廷也正是凭借孙承宗造就的这些成果得以与清军继续周旋达十七年之久！